不要なバリアントはアーカイブしてください。

プロダクトバリアントフォームビューにて「有効」のフラグを外します。

そうすると、通常のオペレーションではこのプロダクトバリアントは見えなくなります（既存のトランザクション上では見える）。

ご参考までに、このオペレーションを容易にするOCAモジュール product_variant_inactive をインストールすると、リストビュー上のボタンクリックで有効/無効が切り替えられるようになります。